クリニックの税金 ➁｜消費税とクリニック特有のリスク

2025年9月19日2025年9月21日

クリニック経営において「消費税は関係ない」と思われがちです。実際、保険診療に消費税はかかりません。しかし、自由診療や物販を行っている場合、消費税は避けて通れない大きなテーマとなります。

しかも医療機関では「非課税」と「課税」が混在するため、税務処理が複雑になり、結果として思わぬ負担やトラブルを招くことがあります。
今回は、クリニックにおける消費税の仕組みとリスク、そして経営者が押さえるべき基本的な考え方について整理します。

クリニックの税金 ➁｜消費税とクリニック特有のリスク

1. 医療行為は非課税

クリニックで提供される診療の多くは消費税がかかりません。保険診療はもちろん、治療目的の自由診療の一部も非課税扱いです。請求時に「医療費＋消費税」とならないのはこのためです。医療の公共性を考慮した制度であり、患者の負担軽減を目的としています。

保険診療はすべて非課税
治療目的の自由診療も非課税が多い
患者の医療費に消費税が上乗せされない

非課税だからといって油断は禁物です。自由診療の一部や関連サービスでは課税対象もあり、理解不足が誤解や処理ミスにつながります。

2. 課税対象となるもの

同じクリニックでも、課税対象となるサービスや商品があります。美容目的の施術や審美歯科、人間ドックや予防接種、サプリや化粧品の物販などが代表例です。「自由診療＝非課税」と思い込むと、申告や処理で誤りを招きやすくなります。

美容目的の施術や審美歯科
健康診断・人間ドック
予防接種など一部の自費診療
サプリや化粧品など物販

境界線を理解しておかないと、後のトラブルに直結します。特に物販は日常的に発生するため、課税管理を徹底する必要があります。

3. 非課税と課税の混在がもたらすリスク

医療機関における消費税の難しさは「非課税と課税が混在する」点です。課税売上割合が95％を下回ると仕入税額控除が制限されます。つまり、美容施術や物販など課税収入の割合が一定以上あると、仕入や経費に含まれる消費税を全額控除できず、一部が経費として認められなくなるのです。その結果、本来よりも多くの消費税を納める必要が出てきます。

例えば、薬剤や医療機器の仕入れに含まれる消費税が100万円あっても、課税売上割合が低ければその一部しか控除されず、差額は医院の負担となります。処理を誤れば納税額が膨らむだけでなく、税務調査で指摘を受けるリスクも高まります。